Eski İzmir kenti (Smyrna) körfezin kuzeydoğusunda yer alan ve yüzölçümü yaklaşık yüz dönüm olan bir adacık üzerinde kurulmuştu. Son yüzyıllar boyunca Meles Irmağı Sipylos (Yamanlar) Dağı'ndan gelen sellerin getirdikleri mil ile bugünkü Bornova ovası oluştu ve yarım adacık bir tepe haline dönüştü. Yapılan en son kazılarda İzmir’deki yerleşim alanlarının M.Ö. 7000 yıllarına dek uzandığı ortaya çıkarılmıştır.
Bayraklı’daki Smyrna kenti tarihinin M.Ö. 3000 yılından çok daha gerilere uzandığı tahmin edilmekle birlikte, yapılan en son kazılarda henüz M.Ö. 3000 yıllarına kadar gidilebilmiştir. Kazılarda elde edilen bilgiler ışığında ilk yerleşik evlerin höyüğün en üst düzeyinde denizden 3 ile 5 metre yukarıdaki kayalar üzerine oturtulduğu belirlenmiştir. Bu ilk yerleşme Eski Tunç Çağı dönemine aittir.
Demir Çağı boyunca İzmir evleri, büyüklü küçüklü tek odalı yapılardan oluşmakta idi. Gün yüzüne çıkarılan en eski ev M.Ö. 925 ile M.Ö. 900'e tarihlenmektedir. İyi korunmuş halde ortaya çıkarılan bu tek odalı evin (2,45 x 4 m.) duvarları kerpiçten, damı ise sazdan yapılmıştı. Eski İzmir'liler kentlerini M.Ö. 850'lerde kerpiçten yapılmış kalın bir surla korumaya başladılar. Bu tarihten itibaren Eski İzmir'in bir kent devlet kimliği kazanmış olduğu söylenebilir. Kenti 'Basileus' adı verilen bir beyin idare ettiği olasıdır. Göçleri gerçekleştirenler ve kent ileri gelenleri soylu tabakayı oluşturuyordu. Kent duvarları içinde yaşayan nüfus tahminen bin kişi civarındaydı. Kent devlete ait halkın büyük bir bölümü civar köylerde yaşıyordu. Bu köylerde, bu çağdaki Eski İzmir'in tarlaları, zeytin ağaçları, bağları, çömlekçi ve taşçı işlikleri yer alıyordu. Geçim tarım ve balıkçılıkla sağlanıyordu. Kentin en önemli kutsal yapısı Athena Tapınağı idi. Bu tapınağın günümüze değin korunan en eski kalıntısı M.Ö. 725-700 yılları arasına tarihlenmektedir. Eski İzmir'in parlak dönemi M.Ö. 650-545 yılları arasına denk düşer. Yaklaşık yüz yıl süren bu süre, bütün İon uygarlığının en güçlü dönemini oluşturur. Bu dönemde İzmir'in tarımla yetinmeyip Akdeniz ticaretine de ortak olduğunu görmekteyiz. Parlak dönemin İzmir'deki önemli belirtilerinden biri M.Ö. 650'den beri yazının yaygınlaşmaya başlamasıdır. Tanrıça Athena'ya sunulan armağanların birçoğunda sunu yazıtları bulunmaktadır. Kazılarda ortaya çıkarılan Athena Tapınağı (M.Ö. 640-580), Doğu Helen dünyasının en eski mimarlık eseridir. En eski ve en güzel sütun başlıkları şu ana kadar İzmir'de bulunmuştur. Eski İzmir'in cadde ve sokakları daha 7. yüzyılın ikinci yarısında ızgara planlı idi, caddeler ve sokaklar kuzeyden güneye ve doğudan batıya uzanıyor, evler genellikle güneye bakıyordu. İlerde M.Ö. 5. yüzyılda Hippodamos tipi adını alacak olan bu kent planı özünde Yakın Doğuda çoktan biliniyordu. Bayraklı şehir planı bu tür kent dokusunun Batı dünyasındaki en erken örneğidir. İon uygarlığının en eski parke döşeli yolu Eski İzmir'de gün ışığına çıkarılmıştır. Helen dünyasının en eski sivil mimarlık eseri Eski İzmir'de 7. Yüzyılın ilk yarısında yapılmış olan güzel taş çeşmedir. Bir zamanlar Yamanlar Dağı üzerinde yükselen Tantalos Mezarı, tholos biçimli anıtsal mezarların güzel bir temsilcisidir. Tantalos mezarı adı ile anılan bu anıtsal eser, Eski İzmir'de M.Ö. 520-580 tarihlerinde yönetimi elinde tutan Basileusun ya da Tiranın mezarı olmalıdır.
İzmir’in zenginliği ve gelişkinliği komşu Lydialıları harekete geçirdi ve İzmirlilerle savaşa girdiler. M.Ö. 610-600 yıllarında Lydia orduları İzmir’i ele geçirip kenti yakıp tahrip ettiler. Ancak İzmirliler kentlerini yeniden kurmayı başardılar. Eski İzmir’in çöküşü, Anadolu’da Pers istilasının sonuçlarındandır. Pers İmparatoru orduları Anadolu’da ilerlerken, Lydia krallığına karşı Ege’nin kıyı kentlerinin kendisini desteklemesini istemişti. Bu isteğe uymayan Ege’nin kıyı kentlerini cezalandırmak amacıyla, Pers İmparatoru Lydia’nın başkenti Sardes’i ele geçirdikten sonra, diğer kıyı kentleriyle birlikte İzmir’e de saldırdı. Pers Ordularının saldırısı sonucu M.Ö. 545 yılında İzmir tahrip edildi. Bu tahribattan sonra Bayraklı’daki yerleşim alanında bir daha kent düzeninde bir yerleşim olmadı.